La gestion de l'organisation est un élément clef du fonctionnement de Maarch RM. La définition de l'organisation du système doit se faire en phase projet, au moment de l'élaboration du plan de classement dont elle est constitutive.
Un plan de classement correspond à la traduction du système d'organisation de l'information conservée, par sujets, du général au particulier, reflétant les activités d'un organisme, avec des niveaux de structuration tels que les fonds, les séries, les dossiers, les pièces, etc., et matérialisé dans les faits par un cadre de classement.
En complément au plan de classement, la définition de l'organisation permet d'attribuer les responsabilités des différents organismes et services dans la gestion du système et des archives qui y sont versées.